尿道畸形还有有先天性和遗传性的两个因素：

1、先天性因素：由于胚胎期性腺功能不足，雄激素分泌减少，尿道皱壁的融合不完全，使阴茎腹侧尿道下壁有不同程度的缺陷，形成尿道下裂.

2、遗传性因素：医生认为本病是由隐性遗传因子传播所致，其发病似具有遗传性和家庭性。

尿道畸形可分为，尿道口上裂，尿道口下裂两者都是一种先天性的阴茎发育畸形。尿道下裂可能荷尔蒙跟组织间反应有关，有人认为是男性贺尔蒙的接受器活动不正常，另外在怀孕期给予女性贺尔蒙或妊娠素会增加尿道下裂的机率，此外遗传及家族史也占有重要角色。

尿道下裂发病率

根据国外的统计，大约每300名男婴就有 1名发生尿道下裂，父亲有尿道下裂，儿子罹患率约为8%，兄弟中有尿道下裂者，再出现的机会为14% ，如果家中有二名罹患者，则增高到五分之一。以发生部位而言，龟头型及冠状沟型约占三分之二阴茎型约15% ，而阴茎阴囊型及会阴型占五分之一。